Oltre alle sostanze nocive, nelle acque reflue si trovano innumerevoli batteri e virus. Pertanto, la disinfezione con cloro è ampiamente utilizzata per uccidere batteri e virus nell'acqua durante la fase di efflusso dell'acqua del rubinetto e degli impianti di trattamento delle acque reflue.
Nel trattamento dell'acqua di raffreddamento circolante industriale, il cloro viene utilizzato anche per sterilizzare ed eliminare le alghe. Nel processo di circolazione dell'acqua di raffreddamento, a causa dell'evaporazione di parte dell'acqua, i nutrienti nell'acqua si concentrano e batteri e altri microrganismi si moltiplicheranno in grandi quantità e formeranno facilmente sporcizia e melma. Troppa sporcizia e melma causerà il blocco dei tubi e la corrosione.
La clorazione di solito comporta l'iniezione di cloro nell'acqua per uccidere batteri e altri microrganismi, solitamente nel cloro in bottiglia.
Per mantenere l'effetto battericida, il cloro residuo deve essere sempre mantenuto a {{0}},5 ~ 1 mg/L nell'acqua scaricata e alla fine della rete idrica a 0 0,05 ~ 0,1 mg/l.