Il principio di disinfezione dell'ipoclorito di sodio comprende principalmente tre aspetti:
L'acido ipocloroso si forma tramite idrolisi e si decompone ulteriormente per formare nuovo ossigeno ecologico. La forte proprietà ossidante del nuovo ossigeno ecologico denatura sostanze come le proteine su batteri e virus, uccidendo così i microrganismi patogeni.
L'acido ipocloroso può penetrare nei batteri (virus) e reagire con polimeri organici come proteine batteriche (virali), acidi nucleici ed enzimi, uccidendo così i microrganismi patogeni.
Gli ioni cloruro prodotti dall'acido ipocloroso possono modificare significativamente la pressione osmotica di batteri e virus, causando la perdita di attività e la morte delle loro cellule.